昆明醫科大學基礎醫學院前身為1986年成立的基礎醫學部，2000年更名基礎醫學院，現已成為集教學、科研、學生管理和社會服務于一體的醫學人才培養和科學研究基地。學院秉承“精業、樂教、博學、創新”的精神，堅持“人才強院、教學立院、學科興院、文化弘院、管理活院、特色辦院”的發展理念，躬耕不止，教研不輟，取得較好成績。
學院現有人體解剖學與組織胚胎學系、病理學與病理生理學系、病原生物學與免疫學系、生物化學與分子生物學系、細胞生物學與醫學遺傳學系、藥理學系、生理學系、物理數學與計算機系等8個系（12個教研室）；1個基礎醫學實驗教學中心；1個昆明醫科大學熱帶醫學研究所。內設黨政辦公室、教學辦公室、學科科研及研究生管理辦公室、團委、學生工作辦公室等機構。
學院現有教職工232人，其中正高級職稱25人，副高級職稱86人；博士生導師26人，碩士生導師75人，享受國務院政府特殊津貼專家1人、全國優秀教師1人、云嶺教學名師1人、省級優秀教育工作者1人、省級教學名師4人、云南省課程思政教學名師1人、云南省中青年學術技術帶頭人和后備人才7人、云南省興滇英才青年拔尖人才14人。
學院目前無本科專業。2017—2019年招收了三屆信息管理與信息專業的本科生，2017級38人、2018級32人、2019級20人。學院管理臨床醫學專業本科生（一到三年級）及研究生3300余人。每年承擔本科生、研究生、留學生以及繼續教育學院等各級各類課程123門，其中本科生必修課程57門，開設本科生選修課40余門。
學院堅持以教學為中心，以人才培養為目標，積極開展教育教學改革，教學質量不斷提高。現有國家級一流本科課程7門，省級一流本科課程11門，省級課程思政示范課程4門，省級研究生優質示范課程9門，省級精品課程3門，省級精品視頻公開課2門，省級雙語示范課程3門，省級教學團隊1個，省級實驗教學示范中心3個、省級虛擬仿真實驗中心1個。
學院堅持以學科建設為龍頭，高度重視學科、學位點建設發展。現有基礎醫學一級學科博士學位授權點1個，生物學一級學科碩士學位授權點1個，國家級博士后科研流動站1個、省級創新團隊2個、省級一流學科1個、云南省高校重點實驗室2個、省級國際合作基地2個。2023年基礎醫學一級學科列入云南省重點支持學科建設名單。
